Ook op het gebied van koeling doet de Shinobi het uitstekend. De ruimte die er is zorgt ervoor dat geen enkel onderdeel lucht te kort komt en de aanzuiging van lucht middels de grote ventilatoren zorgt ervoor dat de verplaatsing van lucht merkbaar aanwezig is. Wanneer je je hand in de kast houdt als hij aanstaat kan je de airflow gemakkelijk volgen, zelfs als de ventilatoren op een hele lage snelheid draaien. Omdat er ruimte is voor de grootste processorkoelers en eventuele waterkoeling is er ook voor de tweakers onder ons die met het overklokken bezig gaan niets aan te merken op de Shinobi.
Wanneer we de koeling op maximale snelheid laten draaien dan wordt duidelijk hoeveel power er zit in de grotere ventilatoren. De kast kan dan gerust ‘luid’ genoemd worden, maar wanneer je gewoon bezig bent met normale werkzaamheden dan hoor je de kast niet boven omgevingsgeluid uitkomen. Stoffilters zijn aangebracht aan de onderkant van de kast en aan de voorkant, deze zijn makkelijk uitschuifbaar om te verwijderen en bijv. met de stofzuiger schoon te maken. Wel is het wat lastig om de voorkant los te krijgen, hier moet behoorlijk wat kracht voor uitgeoefend worden op de behuizing waardoor het toch wat vreemd aanvoelt.
